Der Inselstaat besteht aus den Hauptinseln Sao Tomé (860 km²) und dem 136 km nördlich entfernten Principe (104 km²) sowie einigen diesen vorgelagerten kleinen, meist unbewohnten Felseilanden. Die Insel Sao Tomé, mit der gleichnamigen Hauptstaat Sao Tomé, liegt im Atlantik vor Westafrika exakt auf Äquatorhöhe. Die kürzeste Entfernung zum Kontinent Afrika beträgt in Richtung Westen 250 km (von Sao Tomé nach Gabun) und in Richtung Norden (von Principe nach Nigeria) 400 km.